Për të zbuluar nëse realiteti ku po jeton është fizik, apo mendor, zoti Anderson, i njohur si Neo, do të duhet të bëjë edhe një herë të njëjtën zgjedhje: ndjekjen e lepurit të bardhë. Tashmë, ai është i ndërgjegjshëm se zgjedhja, megjithëse iluzion, mbetet e vetmja rrugëdalje për t’u futur në Matrix, apo për të dalë prej tij. Neoja tashmë e di se çfarë duhet të bëjë, por ajo që ai ende nuk e di është se Matrixi është më i fortë, më i sigurt dhe shumë më i rrezikshëm se më parë...
Një thriller psikologjik i përqendruar rreth një hetuesi "black-ops" dhe një agjent të FBI-së që vënë presion një terrorist të dyshuar në mënyrë që që të rrëfejë vendndodhjen e tre armëve bërthamore të cilat janë gati të shpërthejnë në Shtetet e Bashkuara.
Qyteti i njerëzve, Zioni, mbron veten nga pushtimi masiv i makinerive teksa Nio lufton për t'i dhënë fund luftës në një tjetër front, duke u ndeshur në të njëjtën kohë me agjentin Smith.
Nio dhe liderët e rebelëve llogarisin se kanë 72 orë deri sa 250 mijë provëza të zbulojnë Zionin dhe ta shkatërrojnë atë dhe banorët. Gjatë kësaj kohe Nio duhet të vendosë si të shpëtojë Trinitin nga fati i zi në ëndrrat e tij.
